公元前108年，汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田，并置使者校尉统领之。使者校尉是汉朝政府设在西域的最早的地方官员。

东汉时开始设置西域长史，并一直延至魏、晋时期，长达五、六个世纪，它既是管理机构又是军屯，也是中原王朝在西域的前哨。

安西都护府和安西大都护府乃是唐朝管理碛西的一个军政机构的不同时期的名称，其统辖安西四镇，最大管辖范围曾包括天山南北，并至葱岭以西至达波斯。

清朝在新疆设置的最高军政长官为“总统伊犁等处将军”，简称“伊犁将军”。于伊犁河北岸筑九城作为管辖新疆的政治军事中心，伊犁将军驻在其中的惠远城。

　　光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，新疆军政中心由伊犁移到乌鲁木齐，并实行向单一郡县制的转换。